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抗新型冠状病毒药物筛选虚拟模型开放共享

作者: 王建高 来源: 科技日报
2020-02-07 09:48 
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6日,青岛海洋科学与技术试点国家实验室(以下简称海洋试点国家实验室)传来喜讯:为了加速对抗新型冠状病毒的药物筛选进程,海洋试点国家实验室基于“蓝色药库”研发基础,利用全国各地科学家们贡献的海洋天然产物信息,通过生物信息学分析研究病毒基因的保守性,结合知识图谱技术收集类似蛋白结构信息,确立了病毒配体Spike蛋白、病毒受体ACE2蛋白、病毒蛋白酶PLpro(papain-like protease)和Mpro(3C-like protease或main protease)、介导病毒RNA帽子的甲基化修饰的nsp16、与病毒转录复制相关的RdRp(RNA-dependent RNA polymerase)和潜在的病毒用于干扰宿主免疫的X domain蛋白共7个药物筛选靶点,通过同源模建、分子动力学模拟等手段,构建了可直接用于虚拟药物筛选的靶点口袋。

据海洋试点国家实验室科研人员介绍,上述这些数据信息已于2月2日向全社会开放共享。

据不完全统计,从开放到2月6日的4天时间里,有来自国内外高校、医药企业和科研院所等近百家单位进行了注册下载。据分析,对目前7个靶点模型关注热度不尽相同。依据下载频次,目前关注度较高的为“Spike蛋白的RBD”靶点,其他6个靶点关注度基本相似。

共享信息发布后,多家研究机构及药企的科研与工程技术人员围绕药物虚拟筛选、筛选数据分析、药物计算软件开发与应用以及化合物药理研究等方面与海洋试点国家实验室科学家进行了深入交流和研讨,提出了许多有益的建议,并探讨合作机制和途径,进一步推动了相关后续工作。

为打赢新型冠状病毒疫情防控阻击战,海洋试点国家实验室将继续发挥多学科交叉、大平台、大协作的优势,不断拓展药物苗头分子筛选数据库。目前,针对病毒靶点的分子对接和分子动力学模拟计算正在紧张进行之中,据预测有望获得2000余个苗头化合物,同时加速研究分子与细胞水平的生物实测验证。这些数据信息海洋试点国家实验室将会加快向全社会开放共享,以推进防控药物研发进程。 (记者王建高)

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